Objectif

Comparer la sensibilité aux antibiotiques (phénotype) et l'existence de mutations (génotype) dans les gènes impliqués dans la résistance aux antibiotiques chez Helicobacter pylori
 

 Matériels et Méthodes

126 souches, isolées entre 2004 et 2005, ont été étudiées pour les CMI (méthode de dilution en agar) de l'amoxicilline (AMX), la clarithromycine (CLA), la tétracycline (TET), la lévofloxacine (LEV), la rifampicine (RFP) et la rifabutine (RBU). Les gènes rrl (ADNr 23S), gyrA, et rpoB ont été amplifiés par PCR et séquencés. Des inoculums contenant une proportion de mutants résistants variant de 0,01 % à 100 % ont été soumis comparativement à un test phénotypique (Etest pour la clarithromycine) et à un test génotypique (LightCycler pour la détection de mutation du gène rrl).
 

 Résultats

Nous avons observé 40 souches résistantes à la CLA (31 %), 21 à la LEV (16,7 %), 8 à la RFP (6,4 %) et 4 à la RBU (4 %). Aucune souche ne s'est avérée résistante à l'AMX, ni à la TET. Sur les 40 souches CLA-R, 34 ont une mutation A2147G du gène rrl, 3 A2146G, et 3 ne sont pas mutées. Sur les 21 souches LEV-R, toutes avaient une mutation du gène gyrA entraînant les substitutions suivantes : D86N (1 souche), N87Y (6), T87I (2), N87Y (1), D91N (8) et D91Y (3). Quant aux 8 souches résistantes à la RFP, 7 avaient une mutation du gène rpoB entraînant les substitutions suivantes  : V149G (1), D530N (4), D530G (1), et D530V (1). Le seuil de détection de mutant résistant a été de 0,01% par la méthode phénotypique du Etest et de 25% par la méthode génotypique du LightCycler.
 

 Conclusion

Il y a une très bonne corrélation entre les résultats de sensibilité aux antibiotiques et la présence de mutations pour la clarithromycine et le gène rrl, la lévofloxacine et la gène gyrA et la rifampicine et le gène rpoB. Les quelques discordances observées sont liées soit à des souches de bas niveau de résistance, soit à des faibles proportions de mutants résistants dont l'impact clinique est à évaluer.