Résumé selectionné

Introduction

Les nouvelles méthodes de biologie moléculaire appliquées aux tissus humains [DNA array, protéomique et protein array, CGH array, tissue microarray, ect.], permettent théoriquement l’identification de plusieurs milliers de marqueurs biologiques à l’échelon du génome, du transcriptome, et du protéome. Toutefois, la grande majorité de ces méthodes sont actuellement développées à partir de tissus réséqués chirurgicalement. Cependant, l’approche diagnostic de nombreuses maladies humaines, en particulier des maladies inflammatoires du tube digestif, se fait à partir de fragments biopsiques de petite taille. Le but de ce travail est 1) de valider certaines de ces méthodes (DNA array et TMA) à partir de biopsies digestives obtenues chez des patients atteints de MICI, 2) de corréler certains résultats obtenus par DNA array aux résultats obtenus par TMA.

Patients et Méthodes

les biopsies de 20 patients atteints de maladie de Crohn, de 20 patients atteints de rectocolite ulcéro-hémorragique, et de 10 patients témoins, ont été étudiées et comparées. La qualité des ARN extraits a été controlée par bioanalyseur Agilent 2100. Nous avons utilisé une puce dédiée de 2500 oligonucléotides comportant des gènes de l’inflammation, du cycle cellulaire, de l’apoptose, et du cytosquelette. Les résultats ont été contrôlés par RT-PCR. Plusieurs biopsies supplémentaires ont été réalisées pour la construction des TMA.

Résultats

parmi l’ensemble des gènes surexprimés ou sousexprimés, nous avons sélectionné plus spécifiquement, 4 molécules (DAF/CD55, lipocaline 2, l’ubiquitine D, et C4BP). Il existe une forte corrélation entre les résultats transcriptomiques et les niveaux d’expression protéique observés sur TMA, avec des résultats différents pour les patients atteints de maladie de Crohn par rapport aux patients atteints de rectocolite hémorragique.

Discussion

Les techniques d'extraction d'ARN permettent actuellement d'obtenir suffisamment d'ARN "de bonne qualité" pour l'hybridation sur des puces d'oligonucléotides. L'amplification des ARN n'est actuellement plus nécessaire, compte tenu de la sensibilité des puces utilisées. Les méthodes de TMA développées à partir de biopsies nécessitent le plus souvent l'obtention de biopsies supplémentaires dédiées à la construction de ces TMA, afin d'éviter l'utilisation des biopsies réalisées à but diagnostic. Il est indispensable d'établir des bases de données épidémiologiques afin d'assurer le suivi des patients à long terme.

Conclusion

Ces résultats préliminaires montrent que certaines techniques nouvelles de biologie moléculaire sont appliquables aux biopsies digestives, créant ainsi la notion de « biopsie moléculaire ». Des travaux utilisant ces techniques sont actuellement en cours au sein de notre laboratoire, à partir de populations de patients plus homogènes et plus importantes.