Introduction

Le microbiote intestinal joue un rôle dans le déclenchement et l'entretien de la maladie de Crohn (MC) et de la rectocolite hémorragique (RCH). Une dysbiose est suspectée chez ces patients. L'objectif de cette étude était de comparer la flore fécale de patients atteints de MICI, en poussée ou en rémission, à celle de sujets sains (S) et de patients ayant une colite infectieuse (CI).
 

 Patients et Méthodes

Des échantillons fécaux ont été collectés chez 84 patients : MC en poussée n = 22, MC en rémission n = 10, RCH en poussée n = 13, RCH en rémission n = 4, CI n = 8 et S n = 27. Ces prélèvements étaient analysés par PCR en temps réel ciblant l'ADNr 16S bactérien. Huit couples d'amorces étaient utilisés : 7 ciblant des groupes ou espèces phylogénétiques majeurs du microbiote fécal et un 8ème ciblant l'ensemble des bactéries. Les résultats sont exprimés en bactéries par gramme de fèces en unités Log 10. Les comparaisons de population ont été faites par test t, et les comparaisons de ratios ont été faites par test non paramétrique sur les médianes.
 

 Résultats

Le nombre total de bactéries (Bacteria) était inférieur chez les patients CI (10,7) par rapport aux patients MICI (11,5 ; p = 0,003) et aux sujets S (11,43 ; p = 0,007). La différence était également significative entre les patients MC en poussée (11,7) et ceux en rémission (11,1 ; p = 0,02). Les bactéries du phylum Firmicutes (somme des groupes Clostridium leptum et Clostridium coccoides) étaient sous-représentées chez les patients MICI en poussée (9,7 ; p = 0,004) et CI (9,4 ; p = 0,02) par rapport aux S (10,8). Ce résultat était confirmé par une analyse indépendante des MC ou des RCH en poussée ou des groupes C.leptum et C.coccoides. Par rapport aux S (10,4), l'espèce Faecalibacterium prausnitzii (bactérie majeure du groupe C.leptum) était également sous-représentée chez les patients CI (8,3 ; p = 0,003) et MICI (9,0 ; p = 0,01), particulièrement chez ceux en poussée (8,8 ; p = 0,0004). Les Bifidobactéries étaient diminuées chez les patients MICI en poussée (7,9 ; p = 0,001) et les patients CI (7,7 ; p = 0,01) comparés aux S (9,2). L'espèce Enterococcus faecalis était diminuée chez les patients MICI en poussée (5,9) par rapport aux sujets S (6,4 ; p = 0,03) et au MICI en rémission (6,9 ; p = 0,001). Aucune différence significative n'était mise en évidence concernant les groupes Bacteroidetes et E.coli. Nous avons calculé pour chacun des patients le ratio Firmicutes/Bacteroidetes. Comparé aux sujets S (6), ce ratio était diminué chez les patients CI (0,44 ; p = 0,002), chez les patients MICI (2,00 ; p = 0,0004), et particulièrement chez en ceux en poussée (1,26 ; p = 0,0001), que ce soit des MC (1,20 ; p = 0,007) ou des RCH (1,27 ; p = 0,003). La différence était aussi significative entre MC en poussée (1,2) et en rémission (3,59 ; p = 0,02).
 

 Conclusion

Il existe des différences dans la composition du microbiote fécal des patients atteints de MICI en poussée par rapport à ceux en rémission et aux sujets sains. Certaines de ces variations sont présentes chez les patients ayant une CI et d'autres non. La diminution des bactéries du phylum Firmicutes et notamment de l'espèce F.prausnitzii est associée avec les MICI et les CI. Aucune modification quantitative de l'espèce E.coli n'est observée.