L'adaptation du traitement des hépatites chroniques C au génotype viral implique la détermination exacte du génotype et du sous-type du VHC
S. Chevaliez, R. Brillet, M. Bouvier-Alias, J. Bronowicki, C. Vandervenet, J. Pawlotsky
Introduction La détermination du génotype du VHC conditionne la durée de traitement et la dose de ribavirine chez les patients atteints d'hépatite chronique C. La détermination du sous-type sera nécessaire pour guider le traitement par inhibiteurs spécifiques et interpréter les profils de résistance. En pratique, la détermination du génotype est fondée sur l'étude de la région 5' non codante (5'NC). Les objectifs de ce travail sont : (i) estimer la fréquence des erreurs de sous-typage des tests ciblant la région 5'NC ; (ii) étudier l'effet de l'addition de sondes ciblant la région core.
Patients et Méthodes 505 échantillons de patients atteints d'hépatite chronique C considérés par le laboratoire local comme de génotype 1 ont été étudiés. La détermination du génotype et du sous-type a été réalisée par 3 méthodes : analyse phylogénique de la région codant la protéine NS5B (méthode de référence) ; homologie nucléotidique de la région 5'NC (Trugene HCV 5'NC Assay, SIEMENS) ; hybridation inverse avec des sondes ciblant les régions 5'NC et core, avec le Line probe assay (INNO-LiPA 2.0, SIEMENS).
Résultats 496/505 patients étaient infectés par un génotype 1 par la méthode de référence (1a : 233, 1b : 253, autre sous-type : 10), et 9 par un génotype non-1. La détermination du sous-type par la région 5'NC était erronée chez 71 patients infectés par un génotype 1, dont 46 sous-types 1a (20 %), 15 sous-types 1b (6 %) et 10 autres sous-types. Le sous-type était erroné chez seulement 19 patients avec le test Line probe assay (5'NC + core) : 4 de sous-type 1a, 5 de sous-type 1b et 10 d'autre sous-type. Six patients étaient infectés par un génotype 6 et tous étaient correctement génotypés par le test Line probe assay.
Conclusion Les tests de génotypage ciblant exclusivement la région 5'NC donnent des résultats de sous-typage erronés dans 15 % des cas, ce qui pourrait poser un problème avec le développement des inhibiteurs spécifiques du VHC. Le test d'hybridation inverse ciblant à la fois les régions 5'NC et core améliore significativement l'exactitude de la détermination du sous-type des souches de génotype 1 et permet une excellente discrimination entre les génotypes 1 et 6. Cependant 4 % des échantillons sont incorrectement sous-typés avec cette technique.
|