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De nombreuses études publiées ces dernières années suggèrent que le microbiote intestinal pourrait servir de marqueur diagnostique, pronostique ou thérapeutique dans de plusieurs pathologies gastroentérologique et non gastroentérologique (y compris des pathologies métaboliques et neuro-psychiatriques).

Néanmoins, ces études sont, pour la grande majorité, de petite taille et construites dans un objectif de « découverte ». Ainsi, il manque encore à ce jour de grandes études évaluant et validant l’intérêt de biomarqueurs issus du microbiote pour guider le médecin dans des situations cliniques précises. 

Pourtant, de nombreux laboratoires proposent aujourd’hui la réalisation d’analyse du microbiote intestinal moyennant des tarifs souvent très élevés et avec la « promesse » que cela pourra guider le patient et/ou son médecin.

Les tests basés sur l’analyse du microbiote intestinal et proposés actuellement n’ont aucun intérêt clinique pour le médecin ou son patient. Ils ne peuvent en aucun cas aider à porter un diagnostic ou à guider les choix thérapeutiques. Les recommandations nutritionnelles souvent prodiguées avec les résultats de ces tests sont générales (enrichir son alimentation en fruits et en légume, éviter la viande rouge, la charcuterie, les aliments ultra-transformés, l’alcool et les sodas) et peuvent être faites sans avoir recours à ces tests basés sur le microbiote. D’autre part, les recommandations pour recourir à tel ou tel probiotique avec les résultats de ces tests ne sont pas étayées scientifiquement et n’ont aucune base médicale. Seuls quelques probiotiques ont fait la preuve d’une utilité clinique dans des indications bien précises. Les tests actuels basés sur l’analyse du microbiote n’ont aucun rôle à ce jour sur les recommandations d’utilisation de probiotiques. 

Ces tests basés sur l’analyse du microbiote ne sont donc pas recommandés par la SNFGE et ne doivent pas être prescrits par les médecins quelle que soit leur spécialité.

Le rationnel sous-tendant l’utilisation du microbiote comme biomarqueur, que cela soit à but diagnostic, pronostic ou pour guider la thérapeutique, est en revanche solide scientifiquement et cette recherche est très dynamique. Le fait que de nombreux industriels sérieux s’y intéressent actuellement fait envisager l’utilisation en pratique clinique de biomarqueurs issus du microbiote dans les prochaines années. Il est à espérer que les tests qui seront validés et utilisés à l’avenir reposeront sur des analyses ciblées et spécifiques à chaque pathologie de manière à répondre à chaque question clinique posée.