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C.092 - Étude de la composition du microbiote gastrique chez des patients atteints de lymphome gastrique du MALT

A. Martin, E. Bergsten,, G. Gricourt,, V. Demontant,, C. Barau, C. Copie-Bergman, C. Rodriguez, M. Lévy, I. Sobhani, A. Amiot

Introduction

Le lymphome gastrique du MALT (LGM) est un lymphome non-hodgkinien extra-ganglionnaire de faible malignité. L’association entre Helicobacter pylori et le LGM est parfaitement établie. Aucune donnée n’est à ce jour disponible concernant le microbiote gastrique des patients atteints de LGM. Par ailleurs, 10 à 20% des LGM ne présentent pas d’infection par Helicobacter pylori et 20% des LGM associés à Helicobacter pylori persistent malgré son éradication. L’étude du microbiote gastrique des patients atteints de LGM pourrait permettre d’identifier d’éventuels pathogènes candidats autres que Helicobacter pylori.

Matériels et méthodes

Les biopsies gastriques de 26 patients atteints de LGM-Helicobacter pylori-négatif et de 12 patients atteints de LGM-Helicobacter pylori-positif, ainsi que 22 contrôles Helicobacter pylori-positif et 20 contrôles Helicobacter pylori-négatif, ont été recueillies. Les biopsies gastriques de patients atteints de LGM en rémission complète (n=29) ou réfractaire (n=19) après traitement spécifique ont également été recueillies. Après extraction de l’ADN (protocole Qiagen power fecal pro avec étape de "bead-beating"), et réalisation d’un contrôle qualité, le microbiote a été caractérisé par séquençage de la région V3-V4 de l'ADN ribosomique 16S en application du protocole Illumina MiSeq System. Les séquences assignées en OTU (obtenues par analyse avec le logiciel Qiime2) ont été analysées (pipline C3b et programme SHAMAN). Ainsi une analyse qualitative (phyla, classe, ordre, famille, genre et espèce) et quantitative du microbiote  a été réalisée. 

Résultats

Le microbiote gastrique des patients atteints de LGM n’étaient pas différents de celui de leurs contrôles respectifs (p=0.12 pour les patients Helicobacter pylori-positif et p=0.27 pour les patients Helicobacter pylori-négatif). Les diversités α, β et γ étaient également similaires bien que celles des patients infectés par Helicobacter pylori soient plus restreintes que les patients indemnes d’infection par Helicobacter pylori. Au niveau du genre bactérien, il n’existait pas de différence significative entre les patients atteints de LGM et les patients contrôles. Le microbiote gastrique des patients LGM traités était similaire en terme de composition globale, de diversité et de composition spécifique, que le statut des patients soit en rémission ou réfractaire au traitement. Le microbiote gastrique des patients atteints de LGM-Helicobacter pylori-positif était par contre différent par rapport à celui des patients atteints de LGM-Helicobacter pylori-négatif (p<0.001). Cette différence était caractérisée également par une réduction des  diversités α, β et γ chez les patients atteints de LGM-Helicobacter pylori-positif. Au niveau du genre bactérien, cette différence reposait sur une sur-représentation d’Helicobacter mais également du genre Fusobacterium et du genre Leptotrichia dans le groupe des patients atteints de LGM-Helicobacter pylori-positif. La présence d’une fusion des gènes API1-MALT2 (translocation t(11 ;18)) rendait le microbiote gastrique des patients Helicobacter pylori-positif similaire à celui des patients Helicobacter pylori-négatif. 

Discussion

Conclusion

La composition du microbiote gastrique des patients atteints de LGM est similaire à celle des patients contrôles. Ces données plaident pour une autonomisation de la lymphomagénèse chez les patients Helicobacter pylori-négatif ou réfractaires à l’éradication. Une surreprésentation de bactéries du genre Fusobacterium et Leptotrichia pourrait expliquer le lien entre LGM et carcinogénèse gastrique.

Remerciements

Cette étude a bénéficié d'une bourse de recherche de la Biocodex Microbiota Fondation.