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CO.051 - MAM, une protéine anti-inflammatoire issue de Fæcalibacterium prausnitzii, vers un marqueur de dysbiose de la maladie de Crohn ?

P. McLellan, A. Lavelle, L. Brot, M. Straube, L. De Sordi, J.P. Grill, A. Bourrier, J. Kirchgesner, L. Beaugerie, H. Sokol, P. Seksik

Introduction

Le microbiote intestinal des patients atteints de maladie de Crohn (MC) est caractérisé par une dysbiose spécifique, notamment par un déficit en  Faecalibacterium prausnitzii (F.prau), une bactérie majeure et aux propriétés anti-inflammatoire. La protéine MAM (Molécule anti-inflammatoire du Microbiote) produite par F. prau a été récemment identifiée comme portant en partie l’activité anti-inflammatoire de cette bactérie. La description du microbiote à des fins diagnostiques dans la maladie de Crohn reste actuellement difficilement réalisable. MAM pourrait être un biomarqueur de dysbiose, utile à l’aide au diagnostic de MC. Notre objectif était d’étudier l’expression de MAM dans l’écosystème intestinal et d’évaluer son intérêt comme biomarqueur diagnostique.

Patients et Methodes

Une approche in silico a permis de déterminer des amorces des séquences géniques de MAM spécifiques de 2 phylogroupes (I et II) de F. prau. actuellement connus. Nous avons analysé des échantillons fécaux recueillis chez des patients atteints de MC en poussée (n=24), en rémission (n=24) et des témoins sains (n=12). Les patients inclus étaient issus d’une cohorte monocentrique prospective de MC. Afin de pouvoir mesurer l’expression de MAM in vivo dans le microbiote, nous avons extrait l’ARN total de chaque échantillon et réalisé des PCR quantitative (qPCR) avec les amorces de MAM (I et II) et des amorces bactériennes universelles. Nous avons comparé l’expression relative des ARNm de MAM en qPCR rapportée à la quantité globale de bactéries dans les échantillons fécaux. L’expression relative était exprimée en transformation logarithmique de ∆Ct. Nous avons recherché une association avec le phénotype maladie en déterminant les meilleurs seuils par le calcul de l’aire sous la courbe (AUC). Enfin, nous avons réalisé une analyse univariée et multivariée intégrant la présence de MAM pour le diagnostic de MC.

Résultats

Les caractéristiques cliniques des groupes étaient les suivantes. Le groupe de patients de MC en poussée et en rémission avaient respectivement un âge moyen de 32 ans [IC95% 24-40] et 44 ans [IC95% 32-56], une durée d’évolution de la maladie de 6,4 ans [IC95% 1,1-11,7] et 12,3 ans [IC95% 5,3-19,3], un IMC moyen de 22 [IC95% 19,4-24,6] et 23 [IC95% 19,2-26,8], un score d’Harvey-Bradshaw de 9 [IC95% 7-11] et 1,4 [IC95% 0,7-2,1], un taux sérique de CRP de 77,6 mg/L [IC95% 29-126] et 3,4 [IC95% 1-5,7]. Il s’agissait principalement d’atteinte iléo-colique respectivement pour 13 (54%) et 11 (46%) des cas, associée et une atteinte périnéale dans 3 (13%) et 7 (29%) des cas ainsi qu’une atteinte du tube digestif haut chez 5 (21%) patients dans chaque groupe. 5 (21%) patients avait un antécédent de résection chirurgicale chez les malades actifs contre 11 (46%) dans le groupe en rémission. Dans le groupe des patients en poussée, 4 (17%) recevaient des thiopurines, 7 (30%) une biothérapie. Dans le groupe des patients en rémission 10 (42%) recevaient des thiopurines et 12 (50%) une biothérapie. Les témoins étaient majoritairement des femmes 10/12 (83%), avaient un âge moyen de 38 ans [IC95% 36-50], d’IMC moyen à 21 [IC95% 19,7-22,3] et 100% étaient non-fumeur.

Les analyses concernant MAM du phylogroupe II de F. prau étaient les plus informatives. Nous avons observé que l’expression relative (∆Ct) de MAM était statistiquement plus faible chez les malades actifs 5,84.10-5 [IC95% 3,8.10-6- 2,1.10-3] et en rémission 5,36.10-5 [IC95% 2,5.10-8-1,9.10-2] comparés aux témoins sains 0,5442.10-5[IC95% 8,5.10-5- 9,1.10-2], (p=0.004). Il n’y avait pas de différence de ∆Ct entre les 2 groupes de patients. Le seuil d’expression relative le plus pertinent était 1,6.10-4. A ce seuil, la sensibilité était de 81%, la spécificité de 76%, la valeur prédictive positive de 94% et la valeur prédictive négative de 47%.

En analyse multivariée, l’expression relative de MAM était un facteur indépendant associé au diagnostic de MC ; OR 2,961 [IC95% 2,026-4,831], (p=0,003).

Discussion

Conclusion

Nos résultats montrent que la perte d’expression de MAM est associée au diagnostic de MC. Ceci ouvre la perspective d’un diagnostic écologique de la MC basé sur l’expression de molécules issues de l’écosystème intestinal. Ces résultats devront être validés dans des effectifs indépendants de plus grande taille et leurs spécificités comparés à d’autres situations pathologiques.

Remerciements

Biocodex Microbiota Foundation