JFHOD

CO.27 - Stratification des adénocarcinomes canalaires du pancréas basée sur les caractéristiques de la tumeur et du micro-environnement

F. Puleo, R. Nicolle, Y. Blum, J. Cros, P. Demetter, E. Quertinmont, M. Svrcek, J. Iovanna, D. Franchimont, L. Verset, M. Gomez Galdon, J. Devière, A. de Reyniès, P. Laurent-Puig, J. Van Laethem, R. Marechal, J.B. Bachet

Introduction

Des études transcriptomiques ont révélé l’existence de différents sous-types d'adénocarcinome canalaire pancréatique (ACP) mais il n’existe pas à ce jour de classification consensuelle. Il est difficile d'obtenir des tissus de haute qualité et fraîchement congelés pour l'analyse des transcriptomes en routine clinique. Nous avons cherché à redéfinir les sous-types d’ACP en utilisant des échantillons fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE), en vue d’une future utilisation en recherche clinique.

Patients et Methodes

Des échantillons FFPE d’ACP de 309 patients consécutifs opérés de septembre 1996 à décembre 2010 dans 4 hôpitaux universitaires ont été inclus. L'ADN et l'ARN ont été isolés. Des analyses du transcriptome, un séquençage ciblé de l'ADN et des analyses immunohistochimiques ont été réalisés pour chaque échantillon. Nous avons utilisé une analyse en composants indépendants pour identifier les profils de transcriptome normal, tumoral et du microenvironnement. Nous avons utilisé un système de classification à partir d'une analyse non supervisée utilisant une approche de regroupement par consensus de notre ensemble de données après élimination des composants de contamination normaux. Nous avons associé les sous-types à la survie globale et à la survie sans maladie des patients en utilisant la régression des risques proportionnels de Cox avec une estimation des hazard ratio et des IC à 95%. Nous avons utilisé les ensembles de données PDA du Cancer Genome Consortium (TCGA) et du International Cancer Genome Consortium (ICGC) comme cohortes de validation.

Résultats

Deux sous-types spécifiques du compartiment tumoral, “basal” et “classical”, ont été identifiés. Sur la base d’une analyse combinée de l’expression génique de la composante tumoral et du microenvironnement,  5 sous-types ont été mis en évidence : “Pure Basal”, “Stroma Activated”, “Desmoplastic”, “Pure Classical” et “Immune Classical”.  Les sous-types avaient une valeur pronostique: survies globales médianes étaient de 10,3 mois pour le “Pure Basal”, 43,1 et 37,4 mois pour les “Pure Classical et “Immune Classical”, et 20,2 mois pour le sous-type “Stroma Activated” (test du log-rank basé sur Stroma activé versus Basal  p = 0,018). La valeur pronostique était retrouvée en analyse univariée et multivariée. Ces différences de survie selon les sous-types ont été validées à partir des database d’ACP disponibles (ICGC et TCGA). Nous avons également observé que le sous-type exocrine précedemment décrit était une contamination par les cellules provenant du tissu pancréatique normal. 

Discussion

Conclusion

Nous proposons un système de classification basé sur l'analyse de l'expression génique d'échantillons FFPE d'ACP combinant analyse tumorale et du microenvironnement. Ce système pourrait être utilisé pour le développement de nouvelles thérapies cliblées et estimer le pronostic des patients. 

Remerciements

Ce travail fait partie du programme «Cartes d’identité des tumeurs (CIT)» financé et développé par la Ligue nationale contre le cancer (http: // cit. Ligue-cancer.net). L'étude a été financée par Action 29 du Plan national Cancer Belgique, Fonds de dotation Patrick de Brou de Laurière et Fondation Aide et Recherche en Cancérologie Digestive (ARCAD).

 

Figure: Valeur pronostique de la classification de la tumeur en 5 sous-types.

a: Courbes de survie globale (OS), n=288 patients. b: Courbes de survie sans recidive (DFS) n=288 patients. c: Courbe de survie globale dans le jeu de données ICGC, n=267 patients.  d: Analyse de survie multivariée pour la classification, n=241 patients. e: Survie médiane en mois avec des intervalles de confiance de 95% pour chacune des analyses de survie univariée (a, b et c).