L'APSSII est la seule association française de patients souffrant du syndrome de l'intestin irritable (SII, aussi appelé colopathie fonctionnelle). 
Elle a pour but : 

• de permettre aux membres de l'association et aux victimes de la maladie, un échange d'informations et de services de nature à éviter l'isolement. 
• de contribuer à la diffusion d'éléments d'information de type médical ou social sur le Syndrome de l'Intestin Irritable et des syndromes ou troubles associés.
• d'aider à la mise en place de structures de proximité, sous forme d'antennes, pour une meilleure diffusion de l'information nationale.
• d'être le porte-parole des membres auprès des pouvoirs publics, des médias nationaux ou devant toute autre personne physique ou morale étrangère, impliquée dans la connaissance ou le traitement du syndrome de l'intestin irritable.
• de promouvoir, et de développer les travaux de recherche fondamentale, biologique et thérapeutique sur la Syndrome de l'Intestin Irritable et des syndromes ou troubles associés ; de faire connaître les résultats de ces recherches et expérimentations.